大豆蛋白營養價值較高，其中必需氨基酸含量在植物蛋白中較為合理，并有良好的膠凝、乳化、起泡能力，但大豆蛋白在使用過程中存在著在等電點易沉淀、粘度隨濃度增高而迅速升高等不利因素。研究發現，用酶改性來改善大豆蛋白的理化性質效果較好。木瓜蛋白酶適用于大豆蛋白改性，但水解效率較低、易失活，為充分發揮木瓜蛋白酶的水解效率，添加半胱胺酸、亞硫酸鈉、異VC鈉等添加劑對其起到保護作用。

在傳統的豆腐制作工藝中，采用加熱法使大豆蛋白質展開。而在酶法凝固工藝中，木瓜蛋白酶在特定水解條件下，其體系中游離氨基和蛋白質表面疏水性發生變化。在豆腐凝膠形成過程中，首先是大豆蛋白質適當展開，使原本處于蛋白質分子內部的-SH、-S-S-和疏水性氨基酸暴露，然后通過蛋白質分子間的相互作用使蛋白質聚集形成凝膠。巫慶華研究表明，木瓜蛋白酶可使大豆蛋白質凝固，酶反應條件為85℃、7.5％蛋白質濃度，用量為510酶活力單位/g蛋白質,膠凝時間為221.1s木瓜蛋白酶在大豆蛋白質分子間的相互疏水方面起著重要的作用。

利用木瓜酶的酶促反應，可把食品中的大分子的營養物質（如蛋白質、脂肪、麥芽糖、纖維素等）水解成小分子物質（如氨基酸或多肽等）?？芍瞥蔂I養蛋白食品、膠水、高級口服液、膨化食品等。由于酶促反應的專一特性，使得應用木瓜酶制劑的食品加工過程中副產品極少，更便于產品的提純和簡化工藝步驟（如回收副產品，制造新的食品，提高提取的速度和產量，改進風味和食品質量等）。此外，還有反映條件溫和、催化效率高、安全性高、在生產過程中不產生腐蝕性物質和毒物等特殊的優越性。