由于啤酒是不穩定的膠體溶液，其中的非生物混濁主要由多酚和蛋白質形成，其中蛋白質和高肽占45%~75%，多酚占20%~30%，此外還有α-葡聚糖和β-葡聚糖、戊聚糖、甘露聚糖以及鐵、錳等金屬離子。為了延緩啤酒混濁的形成，更有效的方法是添加非生物穩定劑。 木瓜蛋白酶的加入會使酒體高分子氮明顯降低，中小分子氮含量有所增加，隨著酶添加量的增加，總酸會有所升高，泡持力下降。因此，采用蛋白酶作為啤酒穩定劑，在糖化過程中加木瓜蛋白酶能解決因麥芽溶解不好或輔料量大時麥汁Q-氨基氮不足的問題，在后發酵或清酒中加入木瓜蛋白酶能防止啤酒混濁沉淀，提高非生物穩定性。但由于啤酒中蛋白質含量有限，而酶濃度過高，易使其與啤酒中的多酚、單寧結合，形成不溶性膠體或沉淀，增加啤酒混濁度。當木瓜蛋白酶濃度為0.08mg/100ml時，對啤酒澄清效果最佳，并能夠改變各種游離氨基酸含量，除His和Pro以外，所有氨基酸含量均有不同程度增加，較好地改善啤酒營養成分。由于啤酒工業生產中主要副產品啤酒糟蛋白質含量較高，因此木瓜蛋白酶還被廣泛地應用于啤酒清潔生產中。